在您因公司违规扣工资、不支付加班费、转正后不支付转正工资而被迫离职并起诉公司的案件中，以下特殊情况或例外情形可能会影响处理结果。
1. 劳动合同中对薪资或加班有特殊约定且不违反法律强制性规定：如果劳动合同中明确约定了加班费的计算基数低于法定标准（但高于最低工资标准），或者约定了特定情况下的工资扣除情形且该约定不违反法律规定，可能会对您主张的工资差额和加班费金额产生影响。例如，合同约定加班费以基本工资为计算基数，而您的实际工资包含绩效工资，此时加班费的计算可能会按照合同约定的基本工资进行。
2. 您自身存在违反公司规章制度的行为：如果公司能够证明您在工作中存在严重违反公司规章制度的行为，且该行为与公司扣工资等行为有直接关联（如因您工作失误给公司造成损失，公司依据合法有效的规章制度进行合理扣款），可能会部分或全部抵消您的诉求。例如，公司因您未按规定流程操作导致项目出错而扣除部分工资作为赔偿，且该规章制度经过民主程序制定并向您公示，那么公司的扣款行为可能被认定为合法。
3. 您与公司就薪资问题达成过口头或书面协议：如果您曾与公司就扣工资、加班费或转正工资问题达成过和解协议，且该协议是双方真实意思表示，不违反法律规定，那么您可能需要受该协议约束，无法再就已协议解决的事项提起仲裁或诉讼。例如，您曾书面同意公司因经营困难延迟发放转正工资，并约定了具体发放时间，之后再以此为由主张被迫离职可能不被支持。
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在处理公司违规扣工资、不支付加班费、转正后不支付转正工资并被迫离职起诉公司的过程中，以下常见错误操作行为需要避免。
1. 未书面提出被迫离职并说明理由：有些劳动者可能因气愤直接口头离职或提交的离职申请中未明确注明是因公司未足额支付劳动报酬等法定事由而被迫离职。这可能导致无法认定为被迫离职，从而影响经济补偿金的主张。
2. 忽视劳动仲裁前置程序直接起诉：劳动争议案件必须先经过劳动仲裁，对仲裁结果不服才能向法院起诉。如果直接跳过仲裁程序向法院起诉，法院将不予受理，浪费时间和精力。
3. 证据收集不及时或不完整：例如，未保留好工资条、考勤记录、加班通知等关键证据，或者证据链不完整，无法充分证明公司的违法行为以及自身的损失。这会导致在仲裁或诉讼中处于不利地位，可能无法获得支持。

为了更好地维护您的权益，避免因错误操作导致损失，建议您在采取行动前进一步咨询专业律师，以获取准确的法律指引。

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