“普通发票报了损毁申请后发现已正常开具”这一情况，可能会带来一些潜在的法律风险，以下为您举例说明：
1. 税务机关可能将误报行为认定为发票管理不当。如果您未及时撤回损毁申请，税务机关在后续的发票检查中发现该发票实际正常开具，而系统中仍有损毁记录，可能会认为您企业在发票保管和申报方面存在疏忽，属于发票管理不当。根据《中华人民共和国发票管理办法》第三十五条，违反本办法的规定，有下列情形之一的，由税务机关责令改正，可以处1万元以下的罚款；有违法所得的予以没收：（九）未按照规定存放和保管发票的。虽然您的情况是误报，但仍可能被税务机关适用此条款，面临罚款等处罚风险。
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您的问题“普通发票报了损毁申请后发现已正常开具”，其处理的法律依据主要源于税收征收管理及发票管理的相关法律法规。
根据《中华人民共和国税收征收管理法》第二十一条规定：“税务机关是发票的主管机关，负责发票印制、领购、开具、取得、保管、缴销的管理和监督。单位、个人在购销商品、提供或者接受经营服务以及从事其他经营活动中，应当按照规定开具、使用、取得发票。”以及《中华人民共和国发票管理办法实施细则》第三十一条：“使用发票的单位和个人应当妥善保管发票。发生发票丢失情形时，应当于发现丢失当日书面报告税务机关。”虽然您的情况是误报损毁而非丢失，但核心在于发票的真实状态与申报情况不符。税务机关对发票的管理强调真实性和准确性，您误报损毁后发现发票正常开具，属于申报信息与实际不符，依据上述法规，您有义务及时向税务机关更正错误信息，确保发票管理的合规性。因此，您应立即向税务机关申请撤回或更正损毁申请，这是符合发票管理法规要求的必要措施。
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针对您提到的普通发票报了损毁申请后发现已正常开具的情况，首先需要明确的是，应立即向税务机关申请撤回损毁申请。
1. 如果损毁申请尚未被税务机关受理或审批通过，及时提交撤回申请，说明发票已正常开具的事实，并提供相关证明材料（如发票存根联、记账联复印件等），税务机关通常会予以办理撤回手续。
2. 如果损毁申请已被税务机关审批通过，需向税务机关详细说明情况，提交发票已正常开具的证据，请求税务机关撤销原损毁认定。税务机关会根据实际情况进行核实，若情况属实，可能会撤销原决定，但可能需要企业配合进一步核查。
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在处理“普通发票报了损毁申请后发现已正常开具”的问题时，有些常见的错误操作可能会导致问题复杂化，需要特别避免：
1. 忽视不理，拖延处理：部分人可能认为反正发票没事了，损毁申请不报也没关系，这种想法是错误的。税务机关系统中会有您的损毁申请记录，如果不及时撤回，可能会被税务机关误认为发票确实已损毁，进而影响该发票的后续使用（如验旧、缴销），甚至可能被怀疑有隐瞒发票、虚开发票等税务风险。
2. 自行销毁或处理“已申报损毁”的发票：即使已发现发票正常开具，也绝对不能因为之前报了损毁就自行将其销毁或丢弃。发票是重要的税务凭证，任何单位和个人不得擅自损毁，自行处理可能会违反《发票管理办法》，面临税务处罚。
3. 未保留相关证据或沟通记录：在向税务机关说明情况和申请撤回时，如果没有保留已开具发票的证明材料，或者没有记录与税务机关沟通的时间、人员、内容等，一旦后续税务机关需要核实，可能会因证据不足导致撤回申请受阻，增加处理难度。

如果您不确定如何与税务机关沟通或准备材料，建议及时向专业的税务律师咨询，以确保处理过程合规无误。

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